Trên chiếc Yak-38 nguyên bản hệ thống màu được lựa chọn là sơn chống ăn mòn màu xanh lá cây tối phía dưới, màu xanh dương tối phía trên. Sau này nó được thay thế bằng lớp sơn xám sáng trên nền sơn xám tối, thường áp dụng trên chiếc Yak-38M. Một hệ thống xanh lá cây trên màu bạc ‘tiger’ ngụy trang được thông báo đã từng được quan sát thấy trên một chiếc Yak trên tàu Leningrad năm 1986, màu sơn này có lẽ chỉ được dùng trên một chiếc. Những màu sơn ngụy trang đặc biệt khác có thể đã được dùng trên những chiếc thử nghiệm trong chiến dịch Romb-1 ở Afghanistan năm 1980.